一、垃圾媒体 1、中国青年报 2005.3.30，《就这样被慢慢毒死》；2006.3.29；《令人困惑的针灸》；2006.10.18，《从“徐达吃蒸鹅而死”说起》；2006.12.27，《偏方是怎么来的》；2007.7.25，《别忘了设对照》。
2、北京科技报 2004.11.10，《如此“中西医结合”》；2005.3.23，《我们应该怎样看待中药》；2005.2.2，《艾滋病拯救得了中医吗？》；2005.6.15，《为什么要做临床对照试验》；2006.8.2，《当医生要你吃不该吃的药》；2007.4.9，《《废医验药和取消中医有什么不同》；2007.9.24，《中药在美国的日子会更不好过》。
3、《第一财经日报》 2006.3.1，《科学地看待中医药》，2007.08.6，《美国官方真的认同中医了吗？》。
4、《科学世界》 2003年第2期，《人参与西洋参：历史与现实，神话与事实》。
5、经济观察报 2006.9.2，《如何看待中药的毒性》；2006.10.16，《什么才是真正的西医》；2006.10.23，《“上火”、病毒与中毒》；2006.10.28，《经济观察报》；2006.10.28，《为什么说中医不是科学？》；2006.11.20，《我与中医的关系》；2006.12.11，《现代药物是怎么开发出来的》；2007.5.28，《经络究竟是什么东西？》；2007.6.11，《切脉诊病为什么不可信？》；2007.6.25，《美国政府是如何整治“蛇油”的》；2007.9.3，《FDA这块金字招牌》；2008.1.28，《“治未病”也要靠科学》。
6、申江服务导报 2006.11.7，《对话方舟子中医问题》。
7、洛杉矶时报 2007.1.8，《中国发生的解剖刀对草药之战》。
8、法制晚报 2007.2.2，《我怎么和张仲景干上了》。
9、同舟共进 2007年第4期，《鲁迅晚年改变了对中医的看法吗？》。
10、北京晨报 2007.4.5，《方舟子三否老中医》。
11、江南时报 2007.6.26，《方舟子：对待中医，我主张“废医验药”》。